Contrôle et sécurisation du crédit d’impôt recherche

Le nombre de contrôles ou demandes générales d’informations consécutifs au dépôt d’un Crédit d’Impôt Recherche a fortement augmenté ces dernières années sans pour autant se systématiser.

Le contrôle du Crédit d’Impôt Recherche est généralement réalisé lors d’une vérification de comptabilité de l’entreprise. Une demande générale d’informations peut aussi être émise en amont d’un contrôle afin d’évaluer les éléments de justification du fondement de la déclaration.

Les contrôles peuvent être menés par les deux administrations suivantes :

• les services fiscaux qui sont seuls compétents pour procéder à des rectifications 
• les services du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR) au travers d’experts scientifiques et techniques

Lors des contrôles, les services fiscaux peuvent solliciter l’avis du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche afin d’avoir l’avis d’un expert scientifique et technique sur l’éligibilité des travaux réalisés, sur la qualification du personnel affecté à ces opérations et sur l’évaluation des dépenses prises en compte. L’administration fiscale s’appuie sur cet avis pour notifier l’entreprise.

Chronologie du contrôle

Le contrôle du Crédit d’Impôt Recherche se déroule sur une période de 2 mois à plus d’un an suivant la chronologie suivante :

• Avis de vérification de comptabilité par l’Administration fiscale à l’entreprise
• Réunion d’information entre l’Administration fiscale et l’entreprise pour présenter le périmètre du contrôle et préciser les éléments à communiquer
• Demande d’envoi des éléments justificatifs des dépenses de R&D suivant un délai de 30 jours à l’Administration
• Expertise scientifique et technique du dossier justificatif par l’expert du M.E.S.R.
• Notification par l’Administration fiscale d’une proposition de rectification s’appuyant généralement sur l’avis de l’expert du M.E.S.R.
• Possibilité de la part de l’entreprise d’adresser à l’Administration des observations dans le cadre d’une procédure de rectification contradictoire. L’entreprise peut présenter des éléments complémentaires pour étayer sa justification. La réponse est à transmettre dans un délai de 30 jours (prorogeable de 30 jours supplémentaires sur demande)
• Réponse de l’Administration fiscale aux observations du contribuable. L’entreprise peut refuser cette décision et dans ce cas procéder à des recours hiérarchiques, une réclamation contentieuse voire à saisir le tribunal Administratif

Sécurisation du Crédit d’Impôt Recherche

La sécurisation de son Crédit d’Impôt Recherche devient un enjeu majeur tant d’un point de vue financier que scientifique et technique, pour les entreprises qui mettent en œuvre ce dispositif. Son objectif est de limiter les risques de rejet partiel ou total du CIR qui peuvent mettre en péril la situation financière d’une entreprise, même si dans un premier temps cela aidera sa trésorerie.

Pour sécuriser son Crédit d’Impôt Recherche, l’entreprise peut mettre en œuvre les dispositifs suivants :

Le « rescrit fiscal »

Avant le dépôt de la demande de Crédit d’Impôt Recherche, l’entreprise peut transmettre un « rescrit fiscal », auprès de l’Administration fiscale :

• La demande doit être transmise au moins six mois avant la date limite de dépôt de la déclaration spéciale 2069-A-SD, auprès de votre SIE, MESR (DRRT), ANR.;
• Pour un projet de recherche pluriannuel, la demande doit être effectuée lors de la première déclaration relative à ce projet ;
• L’avis de l’administration est toujours opposable en cas de contrôle. Mais la demande porte uniquement sur l’éligibilité des projets, et non sur les dépenses associées.

Evolution du rescrit fiscal:

La demande de rescrit fiscal est étendue à la validation du montant des dépenses au CIR (hors CII). Mais cette évolution est réservée aux PME dont:

• le CA<1,5M€ (vente de marchandises, d’objets, de fournitures, de denrées ou de logement),
• le CA<450k€ (pour les autres entreprises).

En cas de modification d’un projet ayant obtenu un avis initialement favorable, il est possible de déposer une demande de rescrit fiscal « simplifiée » pour valider les évolutions du projet

Le contrôle à la demande

Le contrôle à la demande permet aux entreprises de demander à l’Administration fiscale de vérifier, sur des points précis, la déclaration, y compris sur l’exercice en cours. La réponse du contrôle constitue une prise de position formelle et est opposable à l’Administration.

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